De Raspberry Pi 3 heeft geen mogelijkheden meer tot overklokken via de standaard Raspbian raspi-config tool. Wil je de Raspberry Pi 3 toch overklokken dan is dat mogelijk via het config.txt bestand.

Standaard werkt de processor van de Raspberry Pi 3 op 1200 Mhz en grafische processor op 440 Mhz. Het is mogelijk om de kloksnelheid van de processor te verhogen naar maximaal 1400 Mhz, echter heb je dan een onstabiel systeem. Het ophogen naar 1300 Mhz is een meer veilige keuze, maar heeft een beperkte performance winst.