Zoals in de grafische interface van de Raspberry Pi is het ook vanaf de shell prompt mogelijk om bestanden te verwijderen van de harddisk. Het commando wat hiervoor wordt gebruikt is ‘rm’ (een afkorting van remove).
Na het verwijderen van bestanden via de grafische interface worden de bestanden en mappen in de prullenmand geplaatst, verwijder je per ongeluk het verkeerde bestand, geen paniek je kunt het bestand weer uit de prullenmand halen. Verwijder je bestanden via de shell prompt dan heb je dit vangnet niet.